Sorge nella parte sommitale della vallata che si estende in direzione nord-est dalle mura urbiche di Perugia fino a Ponte San Giovanni e occupa una dei quattro canaloni scavati lungo le pendici del colle perugino. Situato poco fuori le mura della città di Perugia, è costeggiato da via XIV Settembre prima e via Enrico dal Pozzo poi. Il Parco di Santa Margherita era il luogo in cui sorgeva l’ex manicomio di Perugia; si estende su una superficie di circa 44 ettari, di cui 7 di proprietà del Comune di Perugia e 37 di proprietà della Provincia di Perugia, con un’altitudine che varia dai 330 ai 390 m s.l.m.. Data la sua posizione geografica strategica (43° 06’ 30’’ latitudine Nord, 12° 24’ 00’’ longitudine Est), il Parco può assume una funzione di “oasi naturale” o “corridoio naturalistico” che collega idealmente il centro storico di Perugia con la frazione di Ponte S. Giovanni, plasmando naturalmente la vallata. Il territorio fa parte di un sistema di valloni, le cosiddette “forre” che, sottoforma di veri e propri cunei di verde, si spingono fino a ridosso del centro storico della città, interessando tutti e quattro i versanti del colle perugino; questi valloni sono il vallone del Bulagaio (a Nord), il vallone di S. Margherita (ad Est), il vallone di S. Anna (a Nord) ed il vallone della Cupa (ad Ovest). Negli anni ’60 un’area del Parco (ca. 3 ha) è stata interessata da un intenso imboschimento, effettuato dalla Comunità Montana. La superficie, frammentata fra molteplici proprietari è occupata anche da istituti scolastici, universitari, sanitari e privati.